Depuis sa résidence au Théâtre Gérard Philippe de Saint Denis à l’invitation de Stanislas Nordey, Balagan Système mène une action de décentralisation, parallèlement à la création de spectacle pour les théâtres. Menée tout d’abord sur la Ville de Saint Denis, cette action s’étend ensuite à l’échelle d’une Région lorsque Christian Schiaretti invite Grégoire Ingold comme metteur en scène associé à la Comédie de Reims.

Avec un ensemble permanent d’une dizaine d’acteurs, la compagnie propose des spectacles de formats légers en rendez-vous réguliers aux associations, entreprises, établissements scolaires, établissements pénitenciers. Brecht, Dostoïevski, De Bont, Platon…, le répertoire des textes choisis met en jeu un théâtre de la dispute des idées qui invite au débat.

Deux textes de Platon en spectacles grands formats marquent cette période : le Gorgias, joué notamment au Théâtre de la Cité International à Paris et au Festival International de Delphes, et Qu’est-ce que c’est que la justice ? que la compagnie tourne jusqu’à présent.

À partir de 2004, la compagnie s’implante en Rhône-Alpes et se joint au projet du Théâtre de Vienne sur les écritures contemporaines et les auteurs vivants ; elle créé ainsi des textes de Jacques Jouet, Matéi Visniec et Paul Auster.

Après la tournée, sur deux saisons et pour une soixantaine de dates, de L’extravagant monsieur Jourdain de Mikhaïl Boulgakov, créé à l’issue d’une résidence à L’Hippodrome scène nationale de Douai, la compagnie présente, en 2009, Ahmed philosophe d’Alain Badiou; après une quarantaine de représentations sur la première année, le spectacle est en tournée sur les saisons 2010/2011 et 2011/2012. Le dernier spectacle de la compagnie Entretiens d'embauche de Jacques Jouet - Castelet de marionnettes pour adultes, a été créé en septembre 2011 au Granit, scène nationale de Belfort.

Depuis 2009, Balagan Système est conventionné par la Région Rhône-Alpes.

Pour l'année 2012, Balagan Système est en résidence au Centre social Gérard Philipe de Bron.